报导指出，根据保安官员在数个月的调查工作，以及数百小时盘问被扣嫌犯所获得的资讯显示，如今正在跟基地组织合作的东南亚的武装组织是回教祈祷团。

报导也表示，这个发现意味着，不管是把奥沙玛拉登关起来或把基地组织解散，都无法降低回教祈祷团的危险。

报导指出：“根据较早的报导显示，相信回教祈祷团的成员曾经在协助基地组织恐怖份子方面扮演主要的角色，包括当两名劫持美国飞机撞向五角大楼的人士入境马来西亚时，为他们安排住宿。”

“该区域官员表示，回教祈祷团在数宗暴力事件中留下指纹，包括2000年12月发生在马尼拉，导致22人丧生的火车爆炸案件；2000年11月一名马来西亚政治人物被谋杀案件；出口军火给回教武装组织来对抗印尼摩洛加群岛的基督徒；去年12月新加坡和马来西亚美国和以色列大使馆发生爆裂事件。”

《亚洲华尔街报》的报导也说，回教祈祷团一直被想象为一个独立运行的组织，并在适当时机跟基地组织和其他回教集团合作，并且在不同的地理上分别有三个分处。

这三个分处密切协调爆炸训练、私运军火和其他冒险生意，Mantiqi 1聚焦于马来西亚半岛和新加坡；Mantiqi 2聚焦于印尼的爪哇岛；Mantiqi 3负责沙巴和印尼的苏拉威西。

有关报导说，回教祈祷团是于1999年崛起成为区域力量，当时它建立一个私人军队来帮助回教徒以攻打由基督徒所控制的摩洛加，并且从印尼、马来西亚和菲律宾各地征募回教徒。这些被征募者在被派到摩洛加战场时，先被送往接受军事训练。

“马来西亚海军与2000年初在沙巴巡逻时曾查获大量的M16莱福枪。区域情报官员证实，这些军火都是送往资源攻打摩洛加的中途被截查。”

接下来，回教祈祷团对菲律宾政府着手于更大野心的行动，该组织的领袖甚至分别在马来西亚召开三次会议来密谋攻击行动：

• 2000年8月1日，马尼拉驻印尼大使住家外发生爆炸事件，导致2人死亡数人受伤；
• 2000年12月30日，马尼拉发生一起电动火车爆炸事件，造成22人丧生。