Dalam pilihan raya umum 1999, DAP bergabung tenaga dengan Parti Islam SeMalaysia (PAS), Parti Keadilan Nasional (KeADILan) dan Parti Rakyat Malaysia (PRM) untuk membentuk Barisan Alternatif.
DAP tidak berganjak daripada komitmen bahawa Malaysia harus kekal sebagai negara yang demokratik, sekular dan berbilang agama. Kerjasama DAP dengan tiga parti pembangkang yang lain adalah berdasarkan manifesto bersama Barisan Alternatif, ‘Ke arah Malaysia yang lebih adil’ demi memecahkan hegemoni politik BN dan membinasakan rantaian penindasan yang mengekang hak dan kebebasan rakyat Malaysia serta merendahkan martabat keadilan, kebebasan, demokrasi dan urustadbir yang baik.
Namun amat malang sekali, berikutan beberapa perkembangan, terutamanya desakan PAS untuk menubuhkan sebuah negara Islam – suatu ide yang dirasakan tidak cocok dengan kosmopolitanisme negara Malaysia yang dihargai DAP telah memecahkan batu asas kerjasama tersebut. Apabila objektif bersama pakatan Barisan Alternatif dicemari desakan satu parti komponen untuk mengubah keadaan sekular negara ini, DAP sudah tidak dapat lagi mempertahankan komitmennya di dalam BA.
DAP menarik diri daripada koalisi tersebut pada 2001.